Ministerstvo dopravy plánuje, že trať rozšíří a přibudou dvoukolejné úseky. Jedna linka by také mohla spojit města u řeky Otavy.
Trať z Plzně do Budějovic je hlavně jednokolejná. Dvoukolejná vložka je z Nepomuku do Horažďovic - předměstí, druhá mezi Zliví a Číčenicemi. Objednávky krajů i státu ale ukazují, že by bylo dobré podíl dvoukolejných úseků navýšit. Vlaky by pak na sebe nemusely čekat ve stanicích, také by jezdily rychleji.
Ministerstvo řeší i spojení několika měst v blízkosti Otavy, tedy od Sušice přes Horažďovice, Strakonice až do Písku. Byla by propojená samostatnou linkou bez přestupů.